Après moults péripéties, les aventuriers réussirent à remonter le temps, de retour à une période non technologique, grâce au pouvoir du Pokémon sacré Celebi, jusqu’au moment crucial de la destruction de NW. Le Parasite s’est cependant infiltré lors de ce déplacement temporel et il est bien décidé à contaminer les mondes.

Le Parasite s’est replié au plus profond de la planète, protégé par un bouclier impénétrable. Des failles apparaissent désormais sur la planète et dans l’univers et c’est à vous qu’il convient de les refermer pour échapper de nouveau à la destruction du monde.

À présent...Qu’allez-vous faire ? C’est à vous d’en décider !